『データサイエンティスト養成読本』の「第4章 Python による機械学習」で一部そのままだと動かなかったりするので修正してみるメモ

(pytho2.7.7)

今さら『データサイエンティスト養成読本 』を購入。
「第4章 Python による機械学習」で一部エラーやらで動かなかったりしたのでメモ。
Google先生に訊いても引っかからず正誤表も無いような。
この問題って自分だけなのかしらん？

修正・変更

リスト10

ここはそのままでも動くけど、実行すると「rows 廃止になるよ」メッセージが表示されちゃうので。

# リスト10 ピポットテーブルの作成
# pd.pivot_table(iris, rows="Name", aggfunc=np.mean)  # original
pd.pivot_table(iris, index="Name", aggfunc=np.mean)  # fixed (rows : kwarg only alias of index [deprecated])

リスト23

『.../site-packages/sklearn/preprocessing/label.py:99: DataConversionWarning: A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().』
とかエラー出る。

# リスト23 ロジスティクス回帰モデル
import sklearn
import numpy as np
usedata = np.logical_or(iris["Name"] == "Iris-setosa", iris["Name"] == "Iris-virginica")
setosa_virginica = iris[usedata]
X = setosa_virginica[["SepalLength", "SepalWidth"]]
# Y = setosa_virginica[["Iris-setosa"]]  # original
Y = setosa_virginica["Iris-setosa"]  # fixed

LogRegr = sklearn.linear_model.LogisticRegression(C=1.0)
LogRegr.fit(X, Y)
print(LogRegr.coef_)
print(LogRegr.intercept_)
# print(pd.crosstab(Y["Iris-setosa"], LogRegr, predict(X)))  # original
print(pd.crosstab(Y, LogRegr.predict(X)))  # fixed

これでいいのかな？

リスト26

# リスト26 決定木の可視化

# NOTE: 実行すると"Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible." とエラーが出るので、下記リンクを参照して対処
# http://stackoverflow.com/questions/15951748/pydot-and-graphviz-error-couldnt-import-dot-parser-loading-of-dot-files-will
# pip uninstall pyparsing
# pip install -Iv https://pypi.python.org/packages/source/p/pyparsing/pyparsing-1.5.7.tar.gz#md5=9be0fcdcc595199c646ab317c1d9a709
# pip install pydot

import StringIO
import pydot
dot_data = StringIO.StringIO()
tree.export_graphviz(treeClf, out_file=dot_data, feature_names=["SepalLength", "SepalWidth", "PetalLength", "PetalWidth"])
graph = pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())
graph.write_pdf("iris_decision_tree.pdf")

メモ

ipython notebook がおもしろい。よくできてるなあこれ。